El CEPHCIS es también entidad académica participante de la Licenciatura en Antropología que se imparte en la Facultad de Ciencias Políticas y Sociales, miembro permanente del Comité Técnico de la Cátedra Rigoberta Menchú y del Comité Directivo del Programa Universitario de Estudios de la Diversidad Cultural y la Interculturalidad (PUIC).

El Centro ha sido admitido como entidad académica participante en el programa de Maestría y Doctorado en Estudios Mesoamericanos.