CEPHCIS cuenta con una Biblioteca altamente especializada en Humanidades y Ciencias Sociales. Su acervo está conformado por más de 15 600 mil libros y está abierto a la consulta de investigadores/as, profesores/as, estudiantes y usuarios en general.

El objetivo primordial de la biblioteca es apoyar las labores de investigación, docencia y difusión que se llevan a cabo de manera interna, así como ofrecer sus servicios a la comunidad universitaria en general, a otras instituciones educativas y de investigación en la Península; sin soslayar la importancia de ofrecer sus servicios a la comunidad en general.

Entre los diversos servicios que ofrece la Biblioteca del CEPHCIS se encuentran la circulación  bibliográfica, préstamo interbibliotecario, acceso a la biblioteca digital de la UNAM, elaboración de bibliografías, sala de lectura, referencia bibliográfica especializada, préstamo de equipo de cómputo, entre otros